科研处主要负责全所的科研组织工作。协助所领导贯彻执行上级有关部门关于科研工作的方针、政策、法规、制度。制定年度或中长期科研发展规划。组织安排各级各类科研项目的申报、评审、立项、检查、结项、鉴定、出版、报送、评奖、学术咨询等日常管理工作。

管理挂靠本所的学会、研究会等社团以及非实体研究中心。管理研究所科研成果及知识产权工作。

协助所领导组织学术交流活动；组织安排或协助各研究室开展多种形式的学术活动。办理院布置的国际学术交流的各项工作。

负责研究生院历史系秘书工作。

现任负责人为朱昌荣副研究员。