马克思主义史学理论与史学史研究室，前身是历史文献学与史学史研究室，成立于2002年7月；2010年3月改为马克思主义史学理论与史学史研究室，由历史文献学、史学理论和史学史两个学科组成，主任吴玉贵研究员，副主任杨艳秋研究员。本室现有研究人员6人，其中研究员3人，副研究员1人，助理研究员2人。博士生导师1人。外聘兼职研究员6人，其中学部委员3人，学术带头人3人。
历史文献学是历史研究所的传统优势学科。20世纪80年代之前，曾设立古文字与古文献学研究室，著名历史学
史学理论和史学史也是历史所的传统优势学科，从20世纪60年代开始设立研究室，著名历史学家、哲学社会科学学部委员尹达同志曾兼任研究室主任，在他的带领下编撰了《中国史学发展史》，并培养了一批科研骨干。施丁、叶桂生同志曾担任研究室主任、副主任。1994年在学科调整中，合并到思想史研究室。
研究室主要成果有尹达主编《中国史学发展史》、谢保成主编《中国史学史》。历史文献学方面的成果，以吴玉贵《资治通鉴遗年录》、《唐书辑校》、《突厥第二汗国汉文史料编年辑考》为代表。研究室已经完成院重大课题《中国马克思主义史学思想史（1949年以前）》，院委托课题《马克思主义经典作家论社会形态》。目前正在进行院委托课题“中国封建形态概论”的撰写。