前身是中国科学院历史研究所第二所于1954年成立的第四组（中国思想史组），侯外庐兼任组长，高全朴任副组长，学术秘书李学勤、张岂之；1960年第一所、第二所合并后，为历史研究所第五组（中国思想史组）。1977年中国社会科学院成立后，改为中国思想史研究室。1994年至2002年，史学史研究室一度并入中国思想史研究室。2002年中国思想史列入中国社会科学院首批重点学科建设工程。2019年中国历史研究院成立后，更名为古代思想史研究室。重点研究中国古代哲学思想和社会政治思想，在治学上注重社会史与思想史研究相结合；强调博通古今、横贯中西的学术素养与研究视野；强调发挥研究室同仁的整体力量从事集体项目研究。历任研究室主任（组长）为侯外庐、黄宣民、姜广辉、张海燕。现有研究人员8名，主任郑任钊。代表性成果有《中国思想通史》《宋明理学史》《中国思想发展史》《中国经学思想史》《中国礼学思想发展史研究》等。