前身是中国科学院历史研究所二所于1954年成立的明清史研究组，组长为白寿彝、副组长为王毓铨。1965年底至1966年初成立明清史研究室，杨向奎任主任。1978年明清史分设研究室，王毓铨等相继任明史室主任。1994年明清史合并为明清史研究室。2002年明清史再度分设研究室。主办刊物《明史研究论丛》。中国明史学会秘书处设在该室。该室厚重的学术传统是建立在王毓铨先生明代经济史与谢国桢先生明代政治史、社会史研究的基础之上，经过几代人的努力，研究领域扩展至政治、经济、军事、社会、思想、中外关系等各个领域，尤以政治制度史、军事制度史、经济史与思想文化史等研究见长。自建室以来，已出版各类著述数十部，论文数百篇，在国内外学术界产生了重要影响，有力地推动了当代明史学科的发展。历任研究室主任（组长）为王毓铨、刘重日、高翔、林金树、万明、张兆裕、赵现海。现有研究人员4名，主任解扬。代表性成果有《明史研究论丛》《明代政治史》《晚明社会变迁：问题与研究》《天一阁藏明代政书珍本丛刊》《百年明史论著目录》等。