前身是中国科学院历史研究所二所于1954年成立的明清史研究组。1965年底至1966年初成立明清史研究室，杨向奎任主任。1978年明清史分设研究室，1994年明清史合并为明清史研究室。2002年明清史再度分设研究室。该室于1979年率先创办《清史论丛》，并合办了《清史研究通讯》，至今已出版44辑。40多年来，本刊一直以较高的学术水准与严谨扎实的文风，享誉海内外。在马克思主义唯物史观的指导下，该室遵循“分兵把口，重点突出”发展思路，致力于整体清史的研究与探索，秉持实事求是的为学精神，坚持思想史（或学术史）与社会史、集体项目与个人研究、史实辨析与理论探索、深入历史与观照现实相结合的治学方法，在学术实践中形成了自身特色。涉及领域有：政治史、经济史、学术史、制度史、中外交流史、科举文化史、档案文献整理等。历任研究室主任（组长）为杨向奎、王戎笙、张捷夫、高翔、杨珍、吴伯娅。现有研究人员9名，主任林存阳。代表性成果有《清儒学案新编》《清代全史》《近代的初曙：18世纪中国观念变迁与社会发展》《清朝皇位继承制度（修订本）》《清代学术源流》《乾嘉四大幕府研究》等。