成立于2019年1月，最早挂靠于秦汉魏晋南北朝史学科。1954年，中国科学院正式成立历史研究所第一、二所，第一所下设秦汉魏晋南北朝史研究组，贺昌群任组长，林甘泉任学术秘书。1960年，改为秦汉魏晋南北朝史研究室，由贺昌群任主任，林甘泉任副主任。1978年，魏晋南北朝史并入隋唐史研究室。1991年研究所进行学科调整，再次与秦汉史合并为秦汉魏晋南北朝史研究室。2014年，魏晋南北朝史并入隋唐史研究室。2019年1月，中国历史研究院成立后，独立为魏晋南北朝史研究室。主要学术优势在政治史、礼制史、社会史、思想文化与宗教史等领域，对传世文献、墓志石刻等出土文献的整理和研究是本学科的重要特色。中国魏晋南北朝史学会秘书处设在该室。历任研究室主任（组长）为贺昌群、黄烈、朱大渭、谢桂华、李凭、卜宪群、杨振红、雷闻，现有研究人员5名，主任戴卫红。代表性成果有《魏晋南北朝社会生活史》《世家大族与北朝政治》《北魏平城时代》《魏晋南北朝五礼制度考论》《祈望和谐：周秦两汉王朝祭礼及其演进规律》《北魏考课制度研究》《出土墓志所见中古谱牒研究》《魏晋南北朝隋唐立法与法律体系》《六朝佛教史研究论集》等。