前身是中国科学院历史研究所第二所于1958年成立的元蒙史组。1978年，宋辽金元史研究室成立，陈高华曾担任研究室副主任。1991年，宋辽金元史研究室与魏晋南北朝隋唐史研究室中的隋唐史部分合并，成立隋唐宋辽金元史研究室。2014年，宋辽金元史研究室恢复原有建制。2019年宋辽金史与元史分设研究室，元史研究室正式成立。作为国内为数不多的专攻蒙元史的研究部门，注重对蒙元史领域的整体研究，主要包括元代政治史、经济史、思想史、自然灾害史、族谱研究、军事制度研究、元明易代史研究等，尤其在中外关系史和民族史、多语种文献研究、制度史、经济史、教育史和思想史等方面存在学科优势。历任研究室主任（组长）为翁独健、姚家积、杨向奎、郦家驹、杨讷、史卫民、李斌城、黄正建、刘晓。现有研究人员5名，主任乌云高娃。代表性成果有《元代文化史》《元典章》《元朝与高丽关系研究》《元代灾荒史》等。