历史系以中国社会科学院古代史研究所（原历史研究所）为依托，1978年伴随着中国社会科学院研究生院的创办而成立。同年，招收首届硕士研究生，1985年招收首届博士研究生。历史系现有博士生导师21名，硕士生导师47名。现任历史系主任为中国社会科学院古代史研究所党委书记、所长杨艳秋研究员。

2017年，以中国社会科学院研究生院为基础，创办中国社会科学院大学。2020年成立中国社会科学院大学历史学院，为12个社科大科教融合学院之一，中国社会科学院研究生院历史系更名为中国社会科学院大学历史学院历史系。历史系在中国史一级学科下，设置四个二级学科，分别是中国古代史、专门史、历史地理学、历史文献学，形成了比较完善的学科体系。目前开设中国古代史史料学、中国古代思想史、中国古代史学科前沿动态的追踪与分析以及中国史专题四门公共课程，受到历届系内外学生的好评。 历史系一直以为国家培养中国古代史研究英才为己任，秉持古代史研究所“求真务实”的优良学风和“传帮带”的治学传统，守正创新，继往开来。